1998年《中國水產(chǎn)科學》獲得全國優(yōu)秀水產(chǎn)報刊評選一等獎。2000年獲首屆《中國學術期刊(光盤版)》檢索與評價數(shù)據(jù)規(guī)范執(zhí)行優(yōu)秀獎。2002年榮獲第三屆“全國優(yōu)秀農(nóng)業(yè)期刊獎”。2012年獲得“中國國際影響力優(yōu)秀學術期刊”稱號。自創(chuàng)刊以來, 先后五次被評為“中國百種杰出學術期刊”，連續(xù)多年全國科技類期刊綜合排名前十位，并連續(xù)5次獲“中國精品科技期刊”稱號。2013年獲得全國“百強期刊”榮譽。

　　《中國水產(chǎn)科學》被國內三大主流期刊評價體系收錄為統(tǒng)計刊源，分別為中國科學引文數(shù)據(jù)庫(CSCD)核心庫、中國科技論文與引文數(shù)據(jù)庫(CSTPCD)核心庫以及《中文核心期刊》要目總覽核心庫。國際方面被多家權威知名數(shù)據(jù)庫收錄，如被荷蘭Scopus數(shù)據(jù)庫，美國《海洋文摘》、《化學文摘》、《劍橋科學文摘》《生物學文摘》數(shù)據(jù)庫，英國《動物學記錄》數(shù)據(jù)庫，俄羅斯《文摘雜志》數(shù)據(jù)庫以及聯(lián)合國《水科學和漁業(yè)文摘》收錄。在國內外具有較高影響力。