先后被認定為中國期刊方陣“雙效期刊”“中國科技核心期刊”“中國農業科技核心期刊”“中文核心期刊(2011版、2014版、2017版、2020版、2023版)”“中國農林核心期刊(A類)”“RCCSE中國核心學術期刊”。在熱區九省區中具有較強的學術影響力，2017年和2024年榮獲第四屆和第六屆海南省出版物政府獎一等獎。據中國知網(CNKI)《中國學術期刊影響因子年報(2023版)》統計，《熱帶作物學報》復合影響因子為1.809，影響力指數在全國同類期刊中排名第4，持續保持高水平排名。連續兩次入選中國科學引文數據庫(CSCD)核心庫(2019、2021)，入選《世界期刊影響力指數(WJCI)報告(2020-2023)》，并被國外數據庫《JST日本科學技術振興機構數據庫(日)》、《國際農業與生物科學中心(CABI)數據庫》收錄。