為《中國學(xué)術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫》、《中國科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫》、《萬方數(shù)據(jù)——數(shù)字化期刊群》、北京大學(xué)《中文核心期刊要目總覽》來源期刊，被《中國學(xué)術(shù)期刊(光盤版)》和《中國期刊網(wǎng)》全文收錄;同時，《熱帶海洋學(xué)報》還被美國《化學(xué)文摘》和《水科學(xué)與漁業(yè)文摘》、俄羅斯《文摘雜志》、日本《科學(xué)技術(shù)文獻速報》及英國《動物學(xué)記錄》收錄為源期刊。

　　1997年1月榮獲廣東省第二屆優(yōu)秀科學(xué)技術(shù)期刊獎一等獎;

　　2001年5月榮獲廣東省第三屆優(yōu)秀科技期刊獎二等獎;

　　2001年入選中國期刊方陣，被新聞出版總署評為雙效期刊;

　　2003年中國科學(xué)院科學(xué)出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2008年中國科學(xué)院科學(xué)出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2010年獲廣東省第四屆優(yōu)秀期刊提名獎;

　　2010年中國科學(xué)院科學(xué)出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2012年中國科學(xué)院科學(xué)出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2012年獲“2012中國國際影響力優(yōu)秀學(xué)術(shù)期刊”獎;

　　2013年中國科學(xué)院科學(xué)出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2013年獲“2013中國國際影響力優(yōu)秀學(xué)術(shù)期刊”獎;

　　2014年中國科學(xué)院科學(xué)出版基金科技期刊排行榜(三等);

　　2015年獲第五屆廣東省精品科技期刊榮譽稱號;

　　2017年獲第六屆廣東省精品科技期刊榮譽稱號。