《南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版）》曾獲全國高校優(yōu)秀學(xué)術(shù)期刊一等獎、江蘇省自然科學(xué)學(xué)報一等獎。

　　2001年，《南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版）》入選“中國期刊方陣”。

　　2002年，《南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版）》入選“江蘇期刊方陣”，并獲優(yōu)秀期刊稱號。

　　2004年，《南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版）》再次獲得全國高校優(yōu)秀科技期刊一等獎、江蘇省優(yōu)秀科技期刊。

　　2006—2016年，《南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版）》連續(xù)獲得6屆全國高校學(xué)報精品·優(yōu)秀·特色期刊中的優(yōu)秀科技期刊，全國高校精品·優(yōu)秀·特色期刊中精品科技期刊。

　　2015年起，《南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版）》連續(xù)獲得江蘇省科協(xié)“江蘇省精品科技期刊”建設(shè)項目支持。