《北京中醫藥大學學報》為國內6大檢索系統10余種檢索刊物的主要刊源，被以下國內外重要檢索系統、數據庫收錄：中國科技核心期刊(中國科學技術信息研究所)、中國科學引文數據庫(CSCD)(中國科學院文獻情報中心)、中文核心期刊要目總覽(北京大學圖書館)、中國生物醫學核心期刊(中國醫學科學院醫學信息研究所)、中文生物醫學期刊文獻數據庫(CMCC)(解放軍醫學圖書館)、中國學術期刊綜合評價數據庫(CAJCED)(中國科學文獻計量評價研究中心)、《中國醫學文摘》、“中國精品科技期刊頂尖學術論文平臺(F5000)”項目來源期刊(中國科學技術信息研究所)、美國《化學文摘》(CA)、美國《國際藥學文摘》(IPA)、美國《劍橋科學文摘》(CSA)、美國《烏利希期刊指南》(Ulrich PD)、美國《史蒂芬斯全文數據庫》(EBSCO host)、《日本科學技術振興機構中國文獻數據庫》(JST)。