《北京大學學報(自然科學版)》創建于1955年12月, 是北京大學主辦的自然科學(包括技術科學)綜合類學術性刊物。主要刊登基礎科學、應用科學及交叉科學等領域的研究成果及綜述性文章。由北京大學理工科的40名教授組成編委會, 負責確立學報的辦刊宗旨及審定論文的學術質量。

　　自1995年以來, 《北京大學學報(自然科學版)》獲得國家級、教育部、北京市及其他獎勵若干項:

　　·1995年7月獲北京市高校系統自然科學學報“三優”評比一等獎;11月獲國家教委“全國高校自然科學學報系統優秀學報二等獎”

　　·1996年11月獲國家教委“國家教委系統優秀科技期刊一等獎”

　　·1997年3月獲中宣部、新聞出版署、國家科委聯合頒發的“第二屆全國優秀科技期刊一等獎”

　　·1999年5月獲教育部“全國高校優秀科技期刊一等獎”

　　·1999年10月獲首屆“國家期刊獎”

　　·2001年11月經新聞出版總署和科技部等有關部委選定, 進入國家“期刊方陣”中最高一層的“雙高”(高水平、高知名度)期刊陣列, 成為教育部主管的綜合性大學自然科學學報唯一入選者

　　·2002年12月獲第二屆“國家期刊獎”提名獎

　　·2004年9月獲教育部“全國高校優秀科技期刊一等獎”

　　·2005年1月獲第三屆“國家期刊獎”提名獎

　　·2009年獲中國期刊協會“新中國60年有影響力的期刊”獎

　　·2010年12月獲第二屆中國出版政府獎期刊獎提名獎

　　·2010年以來歷年獲得教育部科技發展中心“中國科技論文在線優秀期刊”一等獎

　　·2006年以來獲教育部歷屆“中國高校精品期刊獎”和“中國高校杰出科技期刊獎”

　　·入選中國科學技術信息研究所歷屆“中國精品科技期刊”

　　·2005年以來19次入選中國科學技術信息研究所“百種中國杰出學術期刊”

　　·2024年入選中國科技期刊卓越行動計劃二期“中文領軍期刊”項目

　　《北京大學學報(自然科學版)》被以下文摘數據庫收錄:

　　國外文摘數據庫

　　1. Scopus (荷蘭Elsevier公司科學期刊數據庫)

　　2. Ei Compendex(工程索引)

　　3. AJ, Abstracts Journal, VINITI (РЖ) (俄羅斯《文摘雜志》)

　　4. CAS, Chemical Abstracts Service (美國化學文摘社)

　　5. GR, GeoRef (美國《地質參考》)

　　6. JST, Japan Science & Technology Agency JST’s Bibliographic Databases (日本科學技術振興機構文獻數據庫)

　　7. MR, Mathematical Reviews (美國《數學評論》)

　　8. MSB-S, Mass Spectrometry Bulletin(Supplemental) (英國皇家化學學會(RSC)《質譜學通報(增補)》)

　　9. SA, International Information Service for the Physics and Engineering Communities (INSPEC) (英國物理學、電技術、計算機及控制信息社數據庫(原《科學文摘》))

　　10. ZM, Zentrallblatt Math (ZMATH) (德國《數學文摘》)

　　11. ZR, Zoological Record (英國《動物學記錄》)

　　12. ProQuest數據庫

　　國內文獻數據庫

　　中國科學引文數據庫(CSCD) 萬方數據 中國知網 超星數字圖書館 維普中文期刊服務平臺 中國科技論文在線 《中國學術期刊文摘》數據庫(CSAD) 中國力學文獻數據庫 中國數學文獻數據庫 中國物理學文獻數據庫 中國光學文獻數據庫 中國天文學文獻數據庫 中國地理學文獻數據庫 中國生物學文獻數據庫 中國化學文獻數據庫 中國稀土文獻數據庫 中國無線電電子學文獻數據庫 中國高校學報文獻數據庫

　　國內文摘期刊

　　中國科學文摘 中國科學引文索引 中國學術期刊文摘 中國數學文摘 中國力學文摘 中國物理文摘 中國光學文摘 中國天文學文摘 中國地理科學文摘 中國生物學文摘 古生物學文摘 中國石化文摘 中國電子科技文摘(電子科技文摘)